perl で hash の一部のキーだけテストするときは
superhashof っていうのが Test::Deep - Extremely flexible deep comparison - metacpan.org にはあるので json を返すような test で array の中に hash があってその一部のキーだけテストしたいみたいなのは Test::Deep::JSON - Compare JSON with Test::Deep - metacpan.org も合わせて使わせてもらって
cmp_deeply( $res->content, json({ array => [ superhashof({ id => ..., is_hoge => 0 }), superhashof({ id => ..., is_hoge => 1 }), superhashof({ id => ..., is_hoge => 0 }), ] }) );
みたいな感じで書くといいですね。